Το Π.Μ.Σ. δύναται να παρέχει έναν αριθμό υποτροφιών βάσει ακαδημαϊκών κριτηρίων σε φοιτητές και φοιτήτριες πλήρους φοίτησης, σύμφωνα με απόφαση της Συνέλευσης, στην οποία καθορίζεται το ύψος και ο αριθμός των υποτροφιών, τα κριτήρια και τα σχετικά δικαιολογητικά, η διαδικασία χορήγησης των υποτροφιών, καθώς και οι υποχρεώσεις και τα δικαιώματα των υποτρόφων.
Το Π.Μ.Σ. δύναται, επίσης, να χορηγεί βραβεία σε φοιτητές και φοιτήτριες με εξαιρετικές επιδόσεις, σύμφωνα με κριτήρια και διαδικασία που καθορίζονται με απόφαση της Συνέλευσης.
Ανακοινώσεις του Πανεπιστημίου Αιγαίου σχετικά με τις υποτροφίες αναρτώνται εδώ. Σχετική ενημέρωση λαμβάνουν οι φοιτητές και οι φοιτήτριες στα ηλεκτρονικά τους ταχυδρομεία από τη Γραμματεία του ΠΜΣ.
Βραβεία Αριστείας
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου έχει θεσπίσει Βραβεία Αριστείας για μεταπτυχιακούς φοιτητές και μεταπτυχιακές φοιτήτριες, τα οποία προκηρύσσει περιοδικά και καλύπτουν το σύνολο των επιστημονικών πεδίων που θεραπεύει το Ίδρυμα. Σκοπός είναι η ενθάρρυνση ερευνητικών προσπαθειών και σε μεταπτυχιακό επίπεδο οι οποίες οδηγούν είτε σε ανακοινώσεις σε αναγνωρισμένα διεθνή συνέδρια είτε σε δημοσιεύσεις σε έγκριτα επιστημονικά περιοδικά και οι οποίες συμβάλλουν καταλυτικά στην ανάδειξη του ερευνητικού χαρακτήρα του Ιδρύματος.